平成23年６月の消費税法の一部改正において、仕入税額控除制度におけるいわゆる「95％ルール」の適用要件の見直し（平成24年４月１日以後に開始する課税期間から適用）が行われています。
１．「95％ルール」とは？
課税仕入れ等に係る消費税額については、あくまで課税売上げに対応するもののみが仕入税額控除の対象になるというのが原則ですが、事業者の事務負担等に配慮し、専ら課税売上げを行う場合として、課税売上割合が95％以上である場合には、その課税期間中の課税仕入れ等に係る消費税額が課税売上げに対応するものかどうかの厳密な区分をせずに全額を仕入税額控除の対象とすることができる、というものです。他方、課税売上割合が95％未満の場合には後述する個別対応方式または一括比例配分方式により仕入控除税額の計算を行います。
２．適用要件の見直しの概要
95％ルールの適用対象者をその課税期間における課税売上高が５億円以下の事業者に限ることとし、他方で当該課税売上高が５億円を超える事業者については、課税売上割合が95％以上であっても、仕入控除税額の計算に当たっては、個別対応方式か一括比例配分方式のいずれかの方法で計算する必要があることとされました。
３．課税売上割合の計算
課税売上割合とは、その課税期間中に国内において行った資産の譲渡等の対価の額（税抜き）の合計額に占める課税資産の譲渡等の対価の額（税抜き）の合計額の割合をいいます。
４．仕入控除税額の計算
（１）個別対応方式
個別対応方式は、その課税期間における個々の課税仕入れ等の全てについて、①課税売上対応分②非課税売上対応分③共通対応分の３つの区分が明らかにされている場合に適用できる計算方法です。
個別対応方式を適用する場合の仕入控除税額の計算方法は次のとおりとなります。
『仕入控除税額＝課税売上対応分に係る消費税額＋（共通対応分に係る消費税額×課税売上割合）』
なお、税務署長の承認を受けることにより課税売上割合に変えて、課税売上割合に準ずる割合により仕入控除税額の計算をすることができます。例えば、従業員割合、事業部門ごとの割合、床面積割合、取引件数割合などが考えられますが、その事業者の事業内容等の実態を反映した合理的なものでなければなりません。
（２）一括比例配分方式
一括比例配分方式は、個別対応方式を適用しない場合に適用できる計算方法で、仕入控除税額の計算方法は次のとおりとなります。
『仕入控除税額＝その課税期間中の課税仕入れ等に係る消費税額の合計額×課税売上割合』
なお、一括比例配分方式を適用した場合には、２年間以上継続適用した後でなければ、個別対応方式に変更することはできません。
国税庁のこちらのページも参考にしてください。